在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
1937年，上海沦陷，出身外交世家的普济州因不满与姚素珍指腹为婚，在其婚礼上，竟然当场逃婚，辗转至中国驻奥地利维也纳领事馆任职，并与其偶像――女小提琴家海伦雨中邂逅。1938年，奥地利被德国吞并，纳粹疯狂迫害犹太人，犹太人只有拿到外国签证，才可以逃离奥地利，但各国忌惮纳粹，以各种借口拒办签证，惟有中国驻维也纳领事馆，向犹太人敞开签证大门。普济州秉承总领事旨意，顶住重重压力，冒着巨大风险，与领事馆同仁一道为犹太难民办理通往中国上海的签证，尤其在独力执行“七人名单”绝密任务中，与以汉斯为代表的德国纳粹斗智斗勇、巧妙周旋，在犹太抵抗组织的配合下，历尽艰险，冲破重重险阻，将一个个大科学家找到并救出，展现了中华民族至情至善的人性光辉。
中国博主沈曼在T国被卷入一起诡异命案中，且被当成了嫌疑人，却也因此与当地女警员姜黎相识，俩人彼此救赎共同成长，惊险的破获了一起起连环杀人案，同时给身在暗处的人们照亮了一道正义之光。
林小如（李小璐 饰）是个最蠢笨的女孩，又是个最青春的女孩。她在护校就以粗心大意和烂成绩闻名，她有一个超级疼爱她的母亲，母亲为她搭通天地线，让她进入了全市最好的南方第五医院当护士。毫无意外地、她遭到所有同事的讥讽与嘲笑，然而她的爱心和善良却赢得了病人的真心赞许。 研究生邵剑波（任泉 饰）心高气傲，对医院种种陈俗陋习看不过眼，总以清高一面示人。然而林小如却看见了他性格中脆弱的一面，他每晚去一酒吧唱歌，那时的他十分忧郁。正当二人情愫渐生之际，医院院长千金、留学归来的蔡美云（张延 饰）却对邵剑波一见钟情。他们是众人眼中天造地设的一对。然而爱情讲究的、最终还是真心。 林小如的天真可爱融化了邵剑波心中愤世嫉俗的寒冰，让他认识到生活中平和美好的一面，他开始改变自己，他才明白，自己爱的是谁。
