在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
腾跃集团的废柴继承者刘凡（魏子翔 饰）被人从游艇推下大海，醒来后发现自己身处荒岛，身边只有一位同样落难的可爱女孩，而这个叫陈佳琪（乌日丽格 饰）的女孩看似乖巧恬静，却拥有与外貌截然相反的野外求生技能。在经历了一系列挫折和磨难后，刘凡发现这一切似乎都是父亲的“阴谋”，而自己的表哥刘资（金浩鹏 饰）居然是幕后执行者。离开荒岛探寻家族集团幕后的真相成为刘凡的信念，但屡屡失败的尝试一次次将他击溃，陈佳琪则一直守护并支持着他，两人关系迅速升温。
少年黄飞鸿（释小龙 饰）自小聪颖正直，常和恶势力斗得头破血流。但作为一个孩子，他也有顽皮捣蛋的一面，每每闯了祸其母亲吴娴就帮他脱困，与黄飞鸿更似一对朋友，而黄飞鸿的父亲黄麒英（何中华 饰）则严肃古板得多。某日，黄麒英十三表叔的女儿十三姨（郝蕾 饰）从英国回来，寄居在黄麒英家里，受过西方教育的她热情奔放观念先进，很快融入黄家，唯独黄麒英对其过于新派的作风不以为意。谁知飞来横祸，吴娴葬身火海，黄家遭此突变，众人都难以接受。丧妻不久的黄麒英更是卷入一场杀人案，被疑为凶手。解救父亲并查明母亲被害事件的重任只得交由黄飞鸿和十三姨身上了……
