在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
少年黄飞鸿（释小龙 饰）自小聪颖正直，常和恶势力斗得头破血流。但作为一个孩子，他也有顽皮捣蛋的一面，每每闯了祸其母亲吴娴就帮他脱困，与黄飞鸿更似一对朋友，而黄飞鸿的父亲黄麒英（何中华 饰）则严肃古板得多。某日，黄麒英十三表叔的女儿十三姨（郝蕾 饰）从英国回来，寄居在黄麒英家里，受过西方教育的她热情奔放观念先进，很快融入黄家，唯独黄麒英对其过于新派的作风不以为意。谁知飞来横祸，吴娴葬身火海，黄家遭此突变，众人都难以接受。丧妻不久的黄麒英更是卷入一场杀人案，被疑为凶手。解救父亲并查明母亲被害事件的重任只得交由黄飞鸿和十三姨身上了……
上阳郡主王儇出身望族，拥有令人艳羡的容貌与才情，却被无奈卷入棋局博弈，数次被当做交换筹码。王儇被迫放弃青梅竹马，嫁于手握重兵的豫章王萧綦，两人经历贺兰箴之难、宁朔之劫、晖州兵变等，从最初的互不信任逐步发展为灵魂相托的伴侣。经历诸多变故的王儇始终坚守“心怀天下”初衷，与萧綦并肩守护百姓家园。
隐曜组织的卧底名单被内鬼泄露失窃，一时间隐曜内部人心惶惶，隐曜主管沈易命黄组暗卫张小花追回失窃的卧底名单。张小花得知奈何寨内有名单消息，便假装被二寨主洛禾绑架潜入奈何寨，本想假装委身于好色大寨主寻回名单，没曾想大寨主早有妒妇当家，勾搭不成差点搭上一条命，关键时刻却是二寨主挺身而出，表示被张小花的美色所迷，想娶为夫人。大寨主忌惮洛禾在寨中多年的实力，只好表面答应，实际上想方设法铲除洛禾的势力。张小花见寨中原来早有内讧，于是决定挑拨大寨主和洛禾的关系，趁乱寻回卧底名单。没曾想她的计划早被洛禾看穿，而洛禾的真实身份也不止眼见这般……
