该剧主要讲述了环境资源法官罗远、法庭顾问夏未冬等一批锐意有为的司法工作者在一连串环保案件中扫黑除恶明法、打击污染犯罪、维护环境生态、探索司法改革、捍卫公众权益的故事。作为中国首部环保司法题材剧，剧集聚焦长江流域环境保护司法实践的精彩案例，讲述环境资源审判的“中国故事”。影片编创团队希望用这样一部故事背景源自生活、视角兼顾官方和民间的现实主义大剧，来吸引社会各界的关注，借此展示环保司法改革之路的艰辛，推广绿色发展理念，增强民众环保意识。
本剧讲述了海东省检察院检察官洪亮、郑雅萍等人在复查东平市“万海黑社会性质组织案”过程中发现司法人员在案件中的徇私枉法。他们以举报线索为突破口，彻底打掉了背后的黑恶势力，同时查办司法工作人员的职务犯罪。
在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
